在線質譜儀主要應用于分離同位素，測定其原子質量和相對豐度。質譜法可應用于有機化學分析，尤其是微量雜質分析，測定分子分子量，為確定化合物分子式、分子結構提供可靠依據。由于化合物具有*的指紋質譜特性，因此質譜儀已廣泛應用于工業生產。質譜儀由離子源、質濾器和檢測器組成，它們被安放在真空總管道內。