二次離子質譜儀是一種高分辨率質譜儀，其分辨率是指其能夠分辨兩個質量相近的離子的能力。分辨率的定義是指在兩個相鄰的質量/荷比值（m/z）的離子信號強度相等時，兩個離子的m/z值之間的差異。二次離子質譜儀的分辨率通常用一個參數R表示，即R=m/Δm，其中m為被測離子的質量/荷比值，Δm為兩個相鄰的離子m/z值之差。